«حقانیت» و «کارآمدی» از جمله مسائل مهم پیش روی نظام‌های سیاسی معاصر است. ولایت فقیه به عنوان نیابت عامّه از امام معصوم علیه‌السلام در عصر غیبت، در اندیشه‌ و عمل شیعی مطرح است. ولیّ فقیه به دلیل برخورداری از صفات و ویژگی‌های بنیادینی همچون عدالت و علم به شریعت و به عنوان امتداد نظام امامت، از حقانیت لازم برای اداره‌ی حکومتی کارآمد برخوردار است.

شواهد تاریخی بیانگر موفقیت و کارآمدی محقق کرکی به عنوان نائب امام زمان سلام الله علیه در دولت صفوی است .

گویند شاه تهماسب به محقق می‌گفت : «شما به حکومت و تدبیر امور مملکت سزاوارتر از من می‌باشید. زیرا شما نایب امام زمان - سلام الله علیه- هستید و من یکی از حکام شما هستم و به امر و نهی شما عمل می‌کنم.» (مفاخراسلام، علی دوانی، ج۴، ص۴۴۰)

فقها و دانشمندان امامیه اتفاق کرده‌اند که فقیه عادل امین که جامع شرایط فتوی باشد - فقیهی که از او به مجتهد در احکام شرعی تعبیر می‌شود، نایب امامان شیعه است - در حال غیبت در تمام آنچه که یک امام در راستای حکومت می‌تواند انجام دهد. (رسائل محقق کرکی، ج۱، رساله سوم)

ایشان ضمن معرفی علامه بهابادی یزدی به شخصیت منحصر به فرد ایشان و نقش سیاسی کارکردی علامه بهابادی در اعمال ولایت فقیه پرداخت و افزود: ایشان سرآمد علمای عصر خود و بی‌نظیر در زهد و تقوا بود، صاحب کرامات نفسانی بوده و به مقام تهذیب نفس دست یافته بود.

 ملا عبدالله بهابادی خدمات زیادی به جامعه بشریت ارائه کرده است و صاحب تالیفات فراوانی به دو زبان فارسی و عربی می‌باشد یکی از بزرگترین علل شهرت ایشان مربوط می‌شود به حاشیه نفیس ملا عبدالله یزدی معروف به حاشیه ملا عبدالله و کتاب تهذیب المنطق تفتازانی که به منظور تفسیر و بیان تهذیب المنطق نوشته شده است .

در دوره صفویه ملا عبدالله بهابادی به دعوت شاه طهماسب و از طریق محقق کرکی به نجف اشرف می‌آیند و امور حسبیه یعنی اجرایی حکومت داری را تقبل مینمایند.

این منبع مشروعیت حق برای حاکمان صفوی در اصل و ابتداً همان حکم محقق کرکی و علمای دیگر از جمله محقق سبزواری است .علامه بهاد یزدی این اعمال ولایت را در سه بعد انجام دادند،اما خود فقیه هنوز مسئول مستقیم حکومت و سه قوه نبودند زیرا حکومت در اسلام یا حکومت شخص معصوم است یا حکومت نائب معصوم که زحمات علامه و علمای دیگر زمینه ساز حکومت نائب شده است.